何も考えずにタイムラインにFLVを貼り付けてみます。

シークバーをドラッグしてみると、とても滑らかとは言えません。特に逆向きにシークした時のほうがひどいです。
ガタガタの理由は、ビデオのキーフレームの間のフレームを、Flashが補完しているからなのではないか。
だったら、FLVエンコードの際に、1フレームごとにキーフレームを打つようにすればよいのではないか。

滑らかです。しかし、絵がとても汚くなり、ビデオ自体のファイルサイズも3.3MBから5.5MBに増えました。絵が汚いのは致命的です。しかし、動きはぐっと気持ちいいですね。

ならば、あらかじめビデオの全てのフレームをビットマップとしてキャッシュし、GIFアニメ感覚でビデオを再生すればいいのではないか。
この場合、メモリの問題と立ち向かう必要があるでしょう。
そのうちテストしてみたいです。